城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多(皮特·普劳泽克 Pete Ploszek 饰)、拉斐尔(阿兰·里奇森 Alan Ritchson 饰)、多纳泰罗(杰瑞米·霍华德 Jeremy Howard 饰)和米开朗基罗(诺尔·费舍 Noel Fisher 饰)与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔(梅根·福克斯 Megan Fox 饰)、韦恩·芬威克(威尔·阿奈特 Will Arnett 饰),及面具义警凯西·琼斯(斯蒂芬·阿梅尔 Stephen Amell 饰)
广袤的银河系,已经被名为巴里萨利斯(艾德·斯克林 Ed Skrein 饰)的暴君所统治,并建立起庞大而残酷的帝国。位于银河系边缘的一座殖民星球,人们过着拮据贫苦的生活。这一天,帝国军舰突然出现在星球上空,狂暴的军官出现在人民面前,他不顾当地人的生计和死活,命令他们在规定时间内交够足够的粮食。军官走后,留下一队士兵监督人民劳作。谁曾想,一次突发事件导致女孩柯拉(索菲亚·波多拉 Sofia Boutella 饰)和帝国的机器人吉米(安东尼·霍普金斯 Anthony Hopkins 配音)反抗并杀掉了这些士兵